Dès le début, l’unification des Eglises divisées était une préoccupation importante de l’Eglise catholique-chrétienne. L’évêque Edouard Herzog fut un œcuméniste de la première heure. Il lança très tôt des négociations d’unification avec les Eglises orthodoxes et anglicanes et devint ainsi un pionnier de l’œcuménisme d’aujourd’hui.
Le dialogue avec les anglicans se conclut en 1931 avec la constatation de la pleine communion ecclésiale. Le dialogue avec les Eglises orthodoxes restait interrompu pendant longtemps à cause des circonstances politiques. Les entretiens théologiques se conclurent seulement en 1987. Cependant, les Eglises ne se les ont pas encore appropriés. Au niveau international, les Eglises vieilles-catholiques mènent un dialogue officiel avec l’Eglise catholique romaine depuis 2004. Le dialogue avec l’Eglise luthérienne de Suède fut conclu le 23 novembre 2016 avec la constatation de la pleine communion.
L’Eglise catholique-chrétienne de la Suisse et les autres Eglises vieilles-catholiques sont membres fondateurs du Conseil œcuménique des Eglises (COE). Elle est membre de la Conférence des Eglises européennes (KEK). En Suisse, elle contribue activement à la Communauté de travail des Eglises chrétiennes.
