Die Vereinigung der getrennten Kirchen war von Anfang an ein wichtiges Anliegen der Christkatholischen Kirche. Bischof Eduard Herzog war ein Ökumeniker der ersten Stunde. Er initiierte schon früh Unionsverhandlungen mit den Orthodoxen und den Anglikanischen Kirchen und wurde damit einer der Pioniere der heutigen Ökumene.
Der Dialog mit den Anglikanern wurde 1931 mit der Feststellung der vollen Kirchengemeinschaft abgeschlossen. Der Dialog mit den Orthodoxen Kirchen war lange Zeit durch die politischen Umstände unterbrochen. Die theologischen Gespräche wurden erst 1987 abgeschlossen, sind aber noch nicht von den Kirchen rezipiert. Auf internationaler Ebene führen die Altkatholischen Kirchen seit 2004 wieder einen offiziellen Dialog mit der Römisch-katholischen Kirche. Der Dialog mit der Lutherischen Kirche von Schweden wurde am 23. November 2016 mit der Feststellung der vollen Kirchengemeinschaft abgeschlossen.
Zusammen mit den anderen altkatholischen Kirchen ist die Christkatholische Kirche Gründungsmitglied des Weltkirchenrates. Sie ist Mitglied der Konferenz Europäischer Kirchen. In der Schweiz beteiligt sie sich aktiv in der Arbeitsgemeinschaft Christlicher Kirchen.
