Die christkatholische Kirchgemeinde Schönenwerd-Niedergösgen engagiert sich in der Ökumene. In Schönenwerd besteht eine Zusammenarbeit mit der reformierten und der römisch-katholischen Gemeinde. Das Jahr ist durch folgende ökumenische Veranstaltungen geprägt:
In Niedergösgen besteht die ökumenische Zusammenarbeit mit dem evangelisch-reformierten Gemeinde und der römisch-katholischen Pfarrei Niedergösgen.
In der christkatholischen Kirche St. Anton in Niedergösgen halten auch die serbisch-orthodoxe Kirchgemeinde und die syrisch-orthodoxe Kirche regelmässig Gottesdienste ab.
Mit den Kirchgemeinden Aarau & Zofingen und Region Olten besteht eine regionale Zusammenarbeit. Delegierte der drei Gemeinden treffen sich regelmässig zur Besprechung gemeinsamer Fragen und Projekte.
Zwei regionale Gottesdienste bilden einen festen Bestandteil des Jahresprogramms: der Auffahrtsgottesdienst, zu dem jedes Jahr eine andere Kirchgemeinde einlädt, und der kantonale Gottesdienst am Fest Michael und alle Engel Ende September.
Auf kantonaler Ebene entsendet die Kirchgemeinde Schönenwerd-Niedergösgen Delegierte an die Kantonalsynode. Sie profitiert von den gemeinsamen Aktivitäten des Synodalverbandes, insbesondere in der ökumenischen Zusammenarbeit im Rahmen der SIKO (Solothurnische interkonfessionelle Konferenz).