Als sich am 16. Oktober 1880 fünfzig Männer im Schulhaus Niedergösgen versammelten, um eine lokale Sektion des Vereins freisinniger Katholiken zu gründen, blieb ihnen der Erfolg zunächst verwehrt: Bei der Pfarrwahl unterlag ihr Wunschkandidat Leo Marfurt gegen den linientreuen römisch-katholischen Caesar Häfeli, der anschliessend fast ein halbes Jahrhundert in Niedergösgen wirken sollte. 1883 wurde ihnen auch die Mitbenutzung der Kirche St. Anton verwehrt. Doch die Stimmenmehrheit war knapp, und der Einfluss der liberalen Schönenwerder Unternehmerfamilie Bally in der Region wirkte sich auch auf Niedergösgen aus. Nachdem aus dem Verein freisinniger Katholiken zunächst eine christkatholische Genossenschaft und später eine eigene Kirchgemeinde wurde, erlangte diese in den 1890er-Jahren das Mitbenutzungsrecht an der Kirche St. Anton. Daraufhin überliess die römisch-katholische Kirchgemeinde den Christkatholiken die Kirche ganz und nahm den Bau der Schlosskirche in Angriff.

Neben der deutlich grösseren Schlosskirche wirkt die christkatholische Kirche wie die kleine Schwester. Früher als Schlosskapelle eng mit den Landvögten und ihren Familien verbunden, war sie für die christkatholische Kirchgemeinde eine vollwertige Pfarrkirche: Ein schlichtes, aber würdiges und stimmungsvolles Gotteshaus. Heute dient die Kirche St. Anton der christkatholischen, der serbisch-orthodoxen und seit kurzem auch der syrisch-orthodoxen Kirche als Gottesdienstraum. Auch die gehässige Stimmung zwischen römisch-katholischer und christkatholischer Kirchgemeinde aus der Kulturkampfzeit ist zum Glück vorbei: Als die Schlosskirche ein neues Geläut bekam, hat die römisch-katholische Kirchgemeinde ihren alten Läutautomaten den Christkatholiken überlassen.

Vor allem an hohen Festtagen ist die christkatholische Kirchgemeinde froh, zwei Kirchen zu besitzen: Da die Stiftskirche in Schönenwerd von den Reformierten mitbenutzt wird, weichen wir an Palmsonntag und Karfreitag, am Weihnachts- und Ostermorgen jeweils nach Niedergösgen aus. Das Jahr hindurch findet am dritten Sonntag im Monat die Eucharistiefeier, am ersten Donnerstag im Monat eine Vesper in Niedergösgen statt. Viele Gemeindeglieder schätzen die familiäre Atmosphäre und kommen gerne zum Gottesdienst.